Thông tư 99/2025/TT-BTC thay đổi gì với kế toán doanh nghiệp từ 2026?

Từ năm 2026, nhiều doanh nghiệp bắt đầu áp dụng chế độ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC. Với doanh nghiệp đang theo Thông tư 200, việc chuyển sang Thông tư 99 không chỉ là đổi danh mục tài khoản trên phần mềm; doanh nghiệp còn phải rà số dư đầu kỳ, cách ghi nhận nghiệp vụ và cách lập báo cáo tài chính.

Thông tư 99 tác động đến cách doanh nghiệp tổ chức hệ thống tài khoản, ghi sổ, lập báo cáo tài chính, xử lý một số nghiệp vụ và xây dựng quy định kế toán nội bộ. Đồng thời, doanh nghiệp được chủ động hơn ở một số nội dung nhưng cũng phải tự chịu trách nhiệm rõ hơn về cách mình tổ chức kế toán.

Trước khi xem những điểm thay đổi, có hai câu hỏi cần trả lời trước: doanh nghiệp của bạn có thuộc trường hợp áp dụng Thông tư 99 không, và bắt đầu áp dụng từ kỳ kế toán nào?

Không phải doanh nghiệp nào cũng phải chuyển sang Thông tư 99 ngay

Thông tư 99/2025/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 27/10/2025, có hiệu lực từ 01/01/2026 và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày 01/01/2026.

Điều này rất quan trọng với doanh nghiệp có năm tài chính khác năm dương lịch.

Ví dụ, một công ty có năm tài chính từ ngày 01/10 đến ngày 30/09 thì năm tài chính bắt đầu ngày 01/10/2025 chưa chuyển sang Thông tư 99 giữa chừng vào ngày 01/01/2026. Bộ Tài chính đã hướng dẫn trường hợp này bắt đầu áp dụng Thông tư 99 từ năm tài chính 01/10/2026–30/09/2027.

Tương tự, với doanh nghiệp có năm tài chính từ ngày 01/07 đến ngày 30/06, Bộ Tài chính xác định việc ghi sổ và lập báo cáo tài chính theo Thông tư 99 bắt đầu từ 01/07/2026.

Một điểm khác cũng dễ bị hiểu nhầm: Thông tư 99 không thay thế Thông tư 133/2016/TT-BTC dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa. Doanh nghiệp nhỏ và vừa thuộc phạm vi của Thông tư 133 có thể tiếp tục áp dụng chế độ này.

Nếu lựa chọn chế độ kế toán doanh nghiệp theo Thông tư 99 — là văn bản thay thế Thông tư 200 trong phạm vi tương ứng — doanh nghiệp phải thông báo cho cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp và thực hiện nhất quán trong năm tài chính.

Nếu chuyển trở lại áp dụng Thông tư 133, việc chuyển phải thực hiện từ đầu năm tài chính và doanh nghiệp phải thông báo lại cho cơ quan thuế. Khi chuyển chế độ, kế toán cũng cần kiểm tra số liệu kỳ trước nào phải điều chỉnh hoặc trình bày lại để báo cáo kỳ mới có số so sánh phù hợp; cách xử lý cụ thể tùy từng trường hợp chuyển đổi.

Vì vậy, câu hỏi đầu tiên không nên là:

“Thông tư 99 thay đổi tài khoản nào?”

Mà nên là:

“Doanh nghiệp mình hiện đang áp dụng chế độ kế toán nào, và năm tài chính đầu tiên thuộc Thông tư 99 bắt đầu khi nào?”

Với doanh nghiệp đang áp dụng Thông tư 200, đây là một lần chuyển chế độ kế toán

Thông tư 99 thay thế khung chính của Thông tư 200/2014/TT-BTC cùng một số văn bản sửa đổi, bổ sung liên quan. Một số trường hợp đặc thù vẫn có quy định chuyển tiếp riêng, nên khi chuyển chế độ doanh nghiệp vẫn cần kiểm tra phần áp dụng cho tình huống của mình.

Với một doanh nghiệp bình thường đang áp dụng Thông tư 200, việc chuyển sang Thông tư 99 vì thế không chỉ là thay số hiệu văn bản trong quy trình kế toán.

Doanh nghiệp cần rà lại ít nhất ba phần cùng lúc:

Khi chuyển từ Thông tư 200 sang Thông tư 99, cần rà đồng thời hệ thống tài khoản đang dùng, chính sách và cách hạch toán, cùng báo cáo tài chính cần lập.

Nếu chỉ cập nhật danh mục tài khoản mà không rà lại cách ghi nhận nghiệp vụ và mẫu báo cáo, số liệu có thể vẫn chạy được trên phần mềm nhưng chưa chắc đã phản ánh đúng chế độ mới.

1. Doanh nghiệp được chủ động hơn với hệ thống tài khoản

Đây là một thay đổi đáng chú ý về cách quản lý chế độ kế toán.

Theo Thông tư 200 trước đây, nếu doanh nghiệp muốn bổ sung tài khoản cấp 1, cấp 2 hoặc sửa đổi tên, ký hiệu, nội dung và phương pháp hạch toán của các tài khoản này cho nghiệp vụ đặc thù, doanh nghiệp phải được Bộ Tài chính chấp thuận bằng văn bản trước khi thực hiện.

Thông tư 99 mở rộng quyền chủ động của doanh nghiệp trong việc tổ chức hệ thống tài khoản phù hợp với đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý.

Điều đó không có nghĩa doanh nghiệp có thể tùy ý đổi tài khoản mà không cần kiểm soát.

Khi điều chỉnh hệ thống kế toán, doanh nghiệp vẫn phải phản ánh đúng giao dịch thực tế: khoản tiền hoặc tài sản đó phát sinh từ việc gì, và doanh nghiệp đang có quyền hoặc nghĩa vụ gì liên quan. Số liệu cũng phải có thể kiểm tra, đối chiếu; báo cáo tài chính phải được lập phù hợp với quy định và có tài liệu kế toán nội bộ làm cơ sở thực hiện.

Nói đơn giản: doanh nghiệp chủ động hơn trong việc tổ chức hệ thống tài khoản, nhưng phải có căn cứ, kiểm soát cách áp dụng và chịu trách nhiệm về lựa chọn của mình.

Với doanh nghiệp nhỏ, điều này đặc biệt đáng lưu ý nếu phần mềm kế toán đã được chỉnh nhiều tài khoản hoặc doanh nghiệp đang có hệ thống tài khoản nội bộ riêng.

2. Không nên lấy nguyên danh mục tài khoản cũ rồi tiếp tục dùng

Hệ thống tài khoản theo Thông tư 99 có những thay đổi so với Thông tư 200. Có tài khoản mới, tài khoản được thay đổi và cũng có tài khoản cũ không còn trong hệ thống mới.

Nguyên tắc cần nhớ là: một tài khoản cũ không còn trong hệ thống mới không có nghĩa chỉ cần chuyển toàn bộ số dư sang một tài khoản mới.

Chẳng hạn, Bộ Tài chính đã xác nhận hệ thống tài khoản tại Thông tư 99 không còn Tài khoản 161 – Chi sự nghiệp và Tài khoản 461 – Nguồn kinh phí sự nghiệp. Nếu doanh nghiệp đang có số dư ở những tài khoản này, trước hết phải xác định số dư đó thực chất là khoản gì và phát sinh từ nghiệp vụ nào, rồi mới chọn tài khoản phù hợp.

Ví dụ này cho thấy một nguyên tắc quan trọng khi chuyển chế độ:

không nên lập một bảng “tài khoản cũ → tài khoản mới” rồi chuyển máy móc toàn bộ số dư.

Với những khoản có thay đổi cách phản ánh, kế toán cần xem lại bản chất nghiệp vụ, điều khoản chuyển tiếp và số dư đầu kỳ.

Không phải doanh nghiệp nào cũng phát sinh những tài khoản đặc thù trên. Vì vậy, thay vì cố học thuộc toàn bộ thay đổi, cách thực tế hơn là lấy danh mục tài khoản doanh nghiệp đang có số dư hoặc đang phát sinh, rồi đối chiếu từng nhóm với Thông tư 99.

3. Báo cáo tài chính cũng cần được rà lại, không chỉ sổ kế toán

Thông tư 99 quy định hệ thống báo cáo tài chính tại Phụ lục IV. Doanh nghiệp áp dụng hệ thống này để lập và trình bày báo cáo tài chính.

Điểm đáng chú ý là doanh nghiệp có thể bổ sung thêm chỉ tiêu báo cáo tài chính nếu thực sự cần để phù hợp với đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý. Tuy nhiên, việc bổ sung phải tuân thủ Luật Kế toán và nguyên tắc lập báo cáo tài chính; doanh nghiệp phải thuyết minh nội dung bổ sung và ban hành quy chế hạch toán kế toán hoặc tài liệu tương đương làm căn cứ thực hiện.

Doanh nghiệp được chủ động hơn, nhưng phải có căn cứ và tài liệu để giải thích vì sao mình lựa chọn cách làm đó.

Đối với kế toán, việc chuẩn bị không nên dừng ở câu hỏi “phần mềm đã có mẫu mới chưa?”. Cần kiểm tra xem dữ liệu trên sổ có đủ để lên đúng các chỉ tiêu mới hay không, cách phân loại số dư đã phù hợp chưa, và những thông tin cần thuyết minh có đang được thu thập từ đầu kỳ hay không.

Một số nội dung mới chỉ lộ ra vào cuối năm khi lập báo cáo. Nếu chờ đến lúc đó mới phát hiện thiếu dữ liệu, việc quay lại rà từng giao dịch của cả năm sẽ khó hơn nhiều.

4. Một số nghiệp vụ có cách xử lý khác, nên phải rà theo giao dịch doanh nghiệp thực sự phát sinh

Thông tư 99 không chỉ đổi biểu mẫu. Trong thực tế áp dụng năm 2026, Bộ Tài chính đã phải trả lời nhiều tình huống liên quan đến cách ghi nhận nghiệp vụ, chuyển đổi số dư và trình bày báo cáo tài chính.

Bạn không cần rà tất cả nghiệp vụ được nhắc trong Thông tư. Hãy bắt đầu từ những giao dịch doanh nghiệp mình thực sự có.

Ví dụ, các hướng dẫn đã phát sinh đối với tài sản sinh học, thay đổi đơn vị tiền tệ trong kế toán, khoản tiền gửi, tài sản cố định và những số dư chuyển từ hệ thống tài khoản cũ sang mới.

Một doanh nghiệp thương mại nhỏ không cần dành thời gian nghiên cứu sâu về tài sản sinh học nếu hoàn toàn không phát sinh nghiệp vụ này. Ngược lại, doanh nghiệp có nhiều giao dịch ngoại tệ sẽ phải rà rất kỹ quy định về tỷ giá.

Cách làm hợp lý là bắt đầu từ những nghiệp vụ thực tế của chính doanh nghiệp, rồi xác định phần nào của Thông tư 99 thực sự tác động đến mình.

5. Giao dịch ngoại tệ là một nhóm cần kiểm tra riêng

Thông tư 99 có quy định mới về tỷ giá giao dịch thực tế trong kế toán. Đây là một trong những nội dung doanh nghiệp có giao dịch ngoại tệ cần đưa vào kế hoạch chuyển đổi.

Tuy nhiên, cần phân biệt rất rõ giữa tỷ giá dùng cho mục đích kế toán và tỷ giá phục vụ hóa đơn, kê khai và nghĩa vụ thuế.

Trong một giải đáp chính thức tháng 01/2026, Bộ Tài chính nhấn mạnh Thông tư 99 hướng dẫn về chứng từ kế toán, tài khoản, ghi sổ và báo cáo tài chính; còn việc xác định nghĩa vụ thuế phải thực hiện theo pháp luật về thuế. Với giao dịch ngoại tệ, việc xuất hóa đơn và kê khai thuế cũng phải căn cứ quy định thuế tương ứng.

Đây là điểm doanh nghiệp rất dễ nhầm nếu lấy một tỷ giá trên phần mềm rồi dùng cho tất cả mục đích.

Thông tư 99 là chế độ kế toán, không phải văn bản thay thế pháp luật thuế.

Nguyên tắc này không chỉ áp dụng cho tỷ giá mà còn cần được giữ khi xem xét các khoản doanh thu, chi phí, tài sản hoặc nghĩa vụ khác.

6. Việc chuyển đổi phải xử lý cả số dư đầu kỳ và chính sách kế toán

Thông tư 99 có điều khoản chuyển tiếp cho việc thay đổi chính sách kế toán. Tùy nội dung, việc chuyển đổi có thể yêu cầu cách xử lý khác nhau chứ không phải mọi số dư cuối năm trước đều được giữ nguyên rồi đổi tên tài khoản. Bộ Tài chính đã tiếp tục có hướng dẫn trong năm 2026 cho các tình huống chuyển đổi cụ thể.

Vì vậy, trước năm tài chính đầu tiên áp dụng Thông tư 99, doanh nghiệp nên xác định rõ:

• Số dư nào có thể giữ nguyên?
• Số dư nào cần phân loại lại?
• Nghiệp vụ nào thay đổi cách ghi nhận?
• Số liệu kỳ trước nào cần điều chỉnh hoặc trình bày lại để so sánh với kỳ mới?

Đây thường là phần quan trọng hơn việc cài một danh mục tài khoản mới vào phần mềm.

Nếu doanh nghiệp bắt đầu năm tài chính mới bằng số dư chuyển đổi chưa đúng, sai lệch có thể đi theo cả năm và chỉ lộ ra khi khóa sổ hoặc lập báo cáo tài chính.

7. Doanh nghiệp được linh hoạt hơn, nhưng quy định nội bộ trở nên quan trọng hơn

Một điểm xuyên suốt của chế độ mới là doanh nghiệp được chủ động hơn trong cách tổ chức kế toán phù hợp với hoạt động thực tế.

Chẳng hạn, khi cần bổ sung chỉ tiêu báo cáo tài chính, doanh nghiệp không chỉ thêm một dòng vào mẫu rồi sử dụng. Doanh nghiệp phải xác định lý do, bảo đảm nguyên tắc kế toán, thuyết minh nội dung bổ sung và có quy chế hoặc tài liệu nội bộ làm căn cứ.

Vì vậy, với những nội dung doanh nghiệp tự bổ sung hoặc điều chỉnh mà quy định yêu cầu phải có quy chế hạch toán kế toán hoặc tài liệu tương đương, tài liệu đó cần ghi rõ lý do và cách áp dụng. Doanh nghiệp cũng chịu trách nhiệm về nội dung đã lựa chọn. Về quản trị nội bộ, nên xác định thêm ai phụ trách và ai kiểm tra số liệu để cách làm được áp dụng nhất quán.

Đối với doanh nghiệp nhỏ, quy chế không nhất thiết phải trở thành một bộ tài liệu dài hàng trăm trang. Nhưng những nội dung đã lựa chọn hoặc điều chỉnh khác với mẫu chung cần có căn cứ rõ ràng, được áp dụng nhất quán và đủ để người làm kế toán sau này hiểu doanh nghiệp đang vận hành theo nguyên tắc nào.

Doanh nghiệp nên chuẩn bị theo thứ tự nào?

Thay vì đọc toàn bộ Thông tư rồi cố ghi nhớ từng tài khoản, bạn có thể bắt đầu từ tình hình thực tế của doanh nghiệp.

1. Xác định chế độ kế toán hiện tại. Doanh nghiệp đang dùng Thông tư 200, Thông tư 133 hay chế độ chuyên ngành khác? Đây là điểm quyết định phần việc tiếp theo.
2. Xác định năm tài chính đầu tiên áp dụng Thông tư 99. Nếu năm tài chính trùng năm dương lịch, mốc thường bắt đầu từ 01/01/2026. Nếu năm tài chính lệch, cần xác định đúng ngày bắt đầu kỳ mới; không chuyển chế độ giữa kỳ chỉ vì Thông tư có hiệu lực ngày 01/01/2026.
3. Lấy danh mục tài khoản và số dư thực tế để đối chiếu. Không cần bắt đầu bằng hàng trăm tài khoản trong Thông tư. Hãy bắt đầu từ những tài khoản doanh nghiệp thực sự sử dụng, đặc biệt là các tài khoản có số dư chuyển sang năm mới.
4. Rà những nghiệp vụ phát sinh thường xuyên hoặc có giá trị lớn. Doanh thu, hàng tồn kho, tài sản, đầu tư, vay nợ, ngoại tệ, dự phòng và các nghiệp vụ đặc thù nên được ưu tiên theo mức độ ảnh hưởng thực tế của doanh nghiệp.
5. Kiểm tra phần mềm kế toán và các báo cáo được lập từ phần mềm. Cập nhật danh mục tài khoản chưa đủ. Cần kiểm tra cách phần mềm hạch toán, kết chuyển, lấy số liệu lên báo cáo và xử lý số dư đầu kỳ.
6. Hoàn thiện quy định kế toán nội bộ khi có lựa chọn hoặc điều chỉnh riêng. Đặc biệt với những nội dung doanh nghiệp tự bổ sung hoặc thay đổi để phù hợp với hoạt động, cần xác định cách làm và trách nhiệm rõ ràng.
7. Chạy thử báo cáo trước khi đến cuối năm. Nếu có thể, nên kiểm tra một bộ báo cáo trên dữ liệu thực tế từ sớm để phát hiện thiếu chỉ tiêu, sai cách phân loại hoặc dữ liệu chưa đủ cho phần thuyết minh.

Ba cách hiểu dễ dẫn đến làm sai

“Thông tư 99 có hiệu lực từ 01/01/2026 nên ngày đó mọi doanh nghiệp phải đổi ngay.”

Không hẳn. Thông tư áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày 01/01/2026. Doanh nghiệp có năm tài chính lệch phải xác định đúng kỳ áp dụng.

“Thông tư 99 thay luôn Thông tư 133 nên doanh nghiệp nhỏ cũng phải chuyển.”

Không đúng. Thông tư 133 không nằm trong nhóm văn bản bị Thông tư 99 thay thế; doanh nghiệp nhỏ và vừa đủ điều kiện vẫn có thể tiếp tục áp dụng Thông tư 133.

“Kế toán theo Thông tư 99 thế nào thì hóa đơn và thuế cứ dùng y như vậy.”

Không nên suy ra như vậy. Bộ Tài chính đã nêu rõ nghĩa vụ thuế được xác định theo pháp luật thuế; chế độ kế toán và quy định thuế có thể có mục đích và cách xử lý khác nhau.

Điều chủ doanh nghiệp cần nhớ

Với người không trực tiếp làm kế toán, bạn không cần thuộc từng tài khoản hay từng bút toán trong Thông tư 99.

Điều cần quan tâm hơn là doanh nghiệp đã trả lời được bốn câu hỏi hay chưa:

• Doanh nghiệp đang áp dụng chế độ kế toán nào?
• Năm tài chính nào bắt đầu áp dụng Thông tư 99?
• Những nghiệp vụ nào của doanh nghiệp thực sự bị ảnh hưởng?
• Hệ thống kế toán và báo cáo đã được chuẩn bị để chuyển sang chế độ mới chưa?

Nếu bốn câu hỏi này được làm rõ từ đầu, việc chuyển sang Thông tư 99 sẽ là một quá trình có kiểm soát thay vì đến cuối năm mới phát hiện phần mềm, số dư và báo cáo không khớp nhau.

Và với một chính sách kế toán lớn như Thông tư 99, đó là những việc nên được chuẩn bị từ sớm.